Σε περιπτώσεις όπου δεν είναι γνωστή η ουσία του δείγματος και απαιτείται η ανάλυση δείγματος για το προσδιορισμό άγνωστης ουσίας, είναι δυνατή η ανάλυση είτε σε βιολογικό δείγμα είτε σε χάπι, σκόνη ή άλλη ουσία.
Αυτό μπορεί να συμβεί σε περιπτώσεις όπου δικαστήριο θέλει να αποφανθεί για την εξέλιξη της δίκης. Επιπλέον η ανάλυση για άγνωστες ουσίες μπορεί να γίνει σε άγνωστα χημικά, τοξίνες και δηλητήρια.